Красная Армия Бухарской Народной Советской Республики была создана в сентябре 1920 года по решению Бухарского ревкома на базе 1-го Восточно-мусульманского стрелкового и 1-го Узбекского кавалерийского полков, участвовавших в Бухарской операции 1920 года. Был учреждён Народный назират (комиссариат) по военным делам во главе с Шагабитдиновым Б. (с ноября1920 года — Ибрагимов Ю.И.). Красная Армия БНСР строилась по образцу Красной Армии РСФСР. Согласно официальным данным, командование Туркестанским фронтом передало в распоряжение правительства Бухарской НСР несколько воинских частей состоявших из красноармейцев местных национальностей. В этот период, в распоряжении Красной Армии было 10 тысяч бойцов, 40 пушек, около 230 пулеметов, 10 бронемашин, 5 бронепоездов и 12 боевых самолетов. Вместе с войсками туркестанского фронта в боевых сражениях участвовали и бухарские "революционные формирования", в которых насчитывалось около 5 тысяч человек. К середине 1921 года Красная Армия БНСР включала 1 стрелковую и 1 кавалерийскую бригады (всего около 6 тысяч человек). Красная Армия БНСР сначала комплектовалась на началах добровольчества, а летом 1922 года была введена воинская обязанность со сроком службы 2 года. 21 августа 1922 года Всебухарский ЦИК принял постановление о создании Реввоенсовета республики. К середине 1922 года в состав Красной армии БНСР уже входили стрелковый и кавалерийский полки, артиллерийский дивизион, отдельный кавалерийский эскадрон, сводно-военные командные курсы, вспомогательные части и учреждения. В составе Красной Армии в 1922 году было 40 тысяч бойцов, из них только 500 были из Бухары. Подавляющая часть отрядов Красной Армии была сформирована не на территории Бухары, так как была необходимость борьбы с национальными местными группировками - басмачами. Красная Армия Бухары активно участвовала в борьбе с басмачеством. В боях принимала активное участие и кавалерийская дивизия, под командованием легендарного С.Буденного. В Красной армии БНСР было значительное влияние большевиков, в связи чем существовавшая внутри правящей группы младобухарская оппозиция старалась создавать независимые от Красной Армии БНСР воинские соединения (милиция). Правительство БНСР во главе с Ф.Ходжаевым не хотела кровопролития, а стремилась установить тайные связи с повстанцами, чтобы объединить их в их действиях против большевиков и использовать это для укрепления своих позиций, поэтому большая часть населения, связывавшая свои надежды с независимым развитием бухарской республики, поддерживала повстанцев. Но соглашение между национальными силами (джадиды-младобухарцы), в составе Бухарского правительства, возглавляемого Ф.Ходжаевым, и руководителями вооруженных группировок не было достигнуто.